Het was in de Tweede Wereldoorlog algemeen gebruik dat de Duitsers schoolgebouwen vorderden. Ook de Zoete Lieve Vrouweschool aan de Geldersedam werd bezet. De kinderen konden er niet blijven en dus werd de lagere school naar het klooster verplaatst en omdat de school aan het zelfde binnenerf grensde, moest iedereen die door de tuin wilde lopen eerst toestemming vragen aan de Duitsers.
Vaak waren de nonnen bang dat het klooster geraakt zou worden door geallieerde bombardementen of door granaatvuur, iets wat door de vordering van de school geen onrealistische gedachte was. Uiteindelijk zou dat niet gebeuren, maar toen de Kasterenbrug in 1944 werd opgeblazen raakte de kapel behoorlijk beschadigd, ondanks dat deze 300 meter noordelijk van brug aan de Zuid-Willemsvaart ligt! Door de klap ontstond een groot gat achter het altaar en werd een deel van de muur eruit geslagen.
Tijdens de bezetting zaten er onderduikers in het klooster. Deze waren daar waarschijnlijk ondergebracht door kapelaan Koopmans, die zich actief verzette tegen de Duitsers en dat uiteindelijk met zijn leven moest bekopen. Bij een brand in de wijk de Muntel vielen 16 doden en werd ook het ouderenpension van het klooster aangetast. Dit leidde er toe dat het hele klooster uiteindelijk ontruimd moest worden en alleen nog als lijkenhuis of lijkenkapel diende. Na de oorlog zouden de nonnen terugkeren en schonken de overlevende onderduikers de nieuwe gebrandschilderde ramen voor de kapel, ter herinnering en dankbetuiging aan het klooster en de kapelaan.
Lange tijd hing bij de voordeur van het klooster een granaathuls die gevonden was in het park bij de IJzeren Vrouw. In deze huls waren verhalen opgeborgen over de oorlogstijd. De huls is inmiddels overgebracht naar het stadsarchief en nog altijd te bezichtigen.
Figuur kop: Spotprent van K. van Valderen uit 1944 van Duitsers die Den Bosch ontvluchten. Bron: Stadsarchief Den Bosch.
Figuur onder: één van de gebrandschilderde ramen in de kapel. (Foto BOEi).
Bron: Dieuwertje van Schadewijk, 2016. Erfgoed en het klooster: een cultuurhistorisch verhaal. Kloosterhotel de Soete Moeder. Stadsarchief Den Bosch, beeld 0026682
